Bueno si es muy cierto que el reproductor de Flash que instalamos cuando queremos ver videos de youtube no es del todo bueno. y pues cuando reproduces en formato de patalla completa, la imagen se va entrecortando, para esto existe una solución un poco diferente en entornos Linux, usar el plug in de VLC, y script para Grease Monkey, lo he probado y funciona bastante bien :D, solo espero que no se vea comprometida mi seguridad. Por cierto les dejo el dato de donde saque la información
http://beetonix.com/post/software/ver-videos-youtube-mozilla-firefox-sinflash/
http://userscripts.org/scripts/show/50771