Pues despues de casi 48 horas de intentar la pinguino IDE en mi pc con Fedora 22, no mas no me dejo, por lo que voy a instalar una Debian como máquina virtual y de ahi a instalar el Pinguino IDE version 11 que se ve muy bueno.
Espero tener un poco mas de tiempo para jugar con el Pinguino IDE después.
También de ahi todo lo demás funciona correctamente
Arduino Uno
Arduino Mega
Programador AVR USBASP + AVRDUDE
Programador para microcontroladores PIC pickit2 Clone
Programador USB Blaster de Altera :)
Labview, Matlab, Scilab y la nueva vesión de Kicad